L’objectif de cette étude est de déterminer la qualité microbiologique des différentes sources d’eau couramment utilisées, notamment les puits et les forages de Noumoubougou et de Tienfala. Afin d’examiner la qualité microbiologique des eaux souterraines (puits et forages), le taux de pollutions des germes de Coliformes Totaux (CT), Fécaux (CF) et Escherichia coli (E. coli) de ces eaux a été analysé. Ces trois paramètres ont été déterminés par des incubateurs Dry-Line à des différentes températures. Pour y parvenir, des prélèvements d’eau ont été effectués au cours des campagnes d’échantillonnage dans la commune de Tienfala. Les analyses microbiologiques ont été réalisées par la technique de filtration sur membrane. Les résultats des analyses microbiologiques ont montré une contamination de Cent pour cent (100 %) par les coliformes totaux, fécaux et 86 % par les E. coli. Ces résultats révèlent que ces eaux présentent des valeurs au-dessus de la norme, entrainant ainsi des risques de maladies hydriques à la population. Il est avantageux d’élargir des stratégies propices pour assurer la diminution du taux de pollution microbiologiques de ces eaux.