L’objectif de cette étude est de connaitre le niveau de contamination aux résidus de pesticides et les risques écotoxicologiques liés, dans deux écosystèmes aquatiques : la mare de Tabalak et le lac Guidimouni. Pour ce faire un inventaire des produits phytosanitaires utilisés par les producteurs maraichers autour des points d’eau a été fait, des échantillons d’eau et de sédiments ont été prélevés en saison sèche et pluvieuse pour analyse. Les concentrations observées en résidus ont été comparées aux normes de qualité environnementale (NQE). Des quotients de risque (QR) ont été aussi calculés pour l’estimation des risques liés à ces teneurs en résidus de pesticides. Les résultats montrent que 68,76 % des pesticides utilisés à Guidimouni et 88,62 % à Tabalak ne sont pas homologués. Ils ont aussi révélé la contamination, des compartiments sédimentaires, par des résidus de pesticides. Les matières actives détectées pendant la saison sèche sont : Aldrine, Dieldrine, DDT et en saison pluvieuse : Aldrine, DDT, Dimethoate, Profenophos, Fenthion, Dicofol et Lindane. Les teneurs en saison pluvieuse sont plus élevées (0,01 à 0,18 mg/Kg à Tabalak et 0,08 à 0,11 mg/Kg à Guidimouni contre 0,08 à 708 mg/Kg et 0,02 à 582 mg/Kg respectivement). La comparaison aux nomes et le calcul des quotients de risque (QR) sur toutes les saisons indiquent un mauvais état écologique des sédiments de ces eaux et les risques négatifs sur les organismes aquatiques sont élevés.