Dans le but de trouver une alternative à la baisse de la fertilité des sols et au coût élevé des engrais chimiques au Burkina Faso, deux (02) types de fertilisants biologiques à base de substrats locaux ont été testés afin de déterminer leur effet sur les paramètres physico-chimiques du sol et sur la productivité de l’oignon (Allium cepa L.). Le test a été conduit selon un dispositif expérimental en bloc de Fisher complètement randomisé comportant six traitements en trois répétitions. Les résultats ont montré que l’apport des différents traitements ont eu des effets très hautement significatifs (p < 0,0001) sur le pH ainsi que sur la teneur en éléments totaux tels que C, N, P et K et en bases échangeables comme le Ca2+ et Mg2+. Le compost enrichi au Trichoderma harzianum a significativement contribué à augmenter le rendement bulbes d’oignon (35,19 ± 1,65 t/ha) comparativement au compost Bokashi (29,193± 1,72 t/ha). En effet, l’association compost enrichi au Trichoderma harzianum + FMV a entrainé une hausse de rendement de plus de 200 % comparativement au Témoin absolu (T0). Ainsi, pour une agriculture durable et performante, l’utilisation des deux fertilisants biologiques se révèlerait être une alternative satisfaisante aux problèmes de l’agriculture. Leur vulgarisation à dose de 0,5 t/ha pourrait être recommandée pour un bon rendement de l’oignon.