L’Hibiscus sabdariffa L. est une plante très utilisée au Sénégal et presque dans toute l’Afrique de l’ouest. Les calices sont transformés en boisson, en concentré, en poudre, etc. par des petites et moyennes entreprises (PME) et des Groupements d’intérêt économiques (GIE). Les procédés de fabrications sont presque similaires avec quelques petites différences dans les entreprises. Cependant toutes les exigences des bonnes pratiques de fabrication et de suivi des lots ne sont pas systématiquement respectées comme la mise en place du plan HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point) et un suivi sur le plan microbiologique des produits. Ainsi, l’objectif de ce travail est d’évaluer les diagrammes de fabrication de boissons et concentrés de bissap et de réaliser le contrôle microbiologique sur toutes les étapes du process dans 2 PME. Les visites effectuées sur les lieux de production ont permis de retracer tous les diagrammes de fabrication des différents produits. Et l’analyse microbiologique a été faite sur des échantillons prélevés au niveau de chaque étape du procédé. Les techniques classiques de la microbiologie alimentaire ont été utilisées pour la recherche de chaque germe selon les référentiels en vigueurs. Les résultats microbiologiques ont révélé une absence totale de bactéries pathogènes sur tout le procédé de transformation. Seule la présence de FMAT (Flore Mésophile Aérobie Totale), de levures et moisissures a été observée sur les échantillons. Cependant la présence d’un type de levure absente sur les matières premières a été notée sur toutes les étapes de la transformation. De plus le suivi microbiologique effectué sur un lot de production stocké à différentes températures (4, 10, 20, 30 et 37°C) pendant six mois a montré que le produit fini qui était salubre au départ présentait une certaine flore dont la quantité dépassait les valeurs seuils en vigueur. Le développement était plus remarqué sur les échantillons conservés à 4°C. Les résultats ont montré la présence d’une contamination croisée dont l’origine peut être diverse (personnel ; environnement, matériel). Pour étayer ce problème des études moléculaires de caractérisation permettant d’identifier les sources de contamination devront être menées de même que l’instauration d’un plan de suivi des bonnes pratiques d’hygiène et de fabrication.