Le phytoplancton constitue un outil précieux pour l’évaluation de la qualité des eaux de surface, en raison de sa sensibilité aux variations physico-chimiques et aux apports en nutriments. Cette étude a été menée dans deux réservoirs situés au centre du Burkina Faso, Naba Zana et Arzoum Baongo, afin d’analyser la structure et la dynamique des communautés phytoplanctoniques en lien avec les nutriments (nitrates et orthophosphates). L’échantillonnage du phytoplancton a été réalisé mensuellement, de mai 2023 à avril 2024, à l'aide d'un filet à plancton. Les paramètres physico-chimiques (Température, pH, oxygène dissous, transparence de l’eau, nitrates, orthophosphates) ont également été mesurés. Les espèces phytoplanctoniques ont été observées au microscope optique, identifiées et comptées en utilisant des méthodes standards. Au total, 136 espèces de rang spécifique et intraspécifique ont été identifiées. Ces espèces sont composées des Chlorophyta (42,22 %), des Euglenophyta (21,43 %), des Cyanobactéries (20,31 %), des Heterokontophyta (16,04 %), et des Dinophyta (1 %). Les Chlorophyta dominaient significativement (p < 0,001) dans les deux réservoirs en saison sèche, tandis que les Euglenophyta (suivies des Dinophyta) prédominaient significativement (p < 0,002) dans le réservoir de Naba Zana durant la saison des pluies, alors que les Cyanobactéries dominaient dans celui de Arzoum Baongo. Ces variations étaient fortement corrélées aux concentrations en nitrates et orthophosphates. Ces résultats soulignent l’importance de la surveillance phytoplanctonique et du contrôle des apports nutritifs pour préserver la qualité des eaux de ces réservoirs.