L’étude évalue le niveau de contamination des poissons par les pesticides et par les métaux lourds dans le fleuve Sénégal et ses affluents, Mali. Depuis quelques années, les effets de changement climatique, la croissance démographique et les activités anthropiques ont eu un impact néfaste considérable sur les ressources en eau au Mali. L’utilisation de ces eaux pour des besoins en eau potable ou d’autres usages est devenue une préoccupation majeure pour les utilisateurs et la vie aquatique est menacée. Des prélèvements des échantillons de poissons et de l’eau ont été faits sur le Bakoye, Bafing, Falémé et le fleuve Sénégal. La caractérisation des pesticides dans les eaux et dans les poissons a été faite par la méthode NF EN 15662. La méthode de la spectroscopie de fluorescence X (XRF) a été utilisée pour déterminer les métaux lourds dans les poissons. La teneurs moyenne en mercure et en cadmium étaient respectivement à 375 mg/kg dont la moyenne maximale a été décelée à Diangola dans le poisson chien avec 526 mg/kg dépassant la norme (0,50 mg/kg) et à 14,8 mg/kg dépassant nettement la norme (0,25 mg/kg). La teneur moyenne en aldrine dans les poissons était à 1,47 mg/kg dépassant la valeur Guide de l’OMS (0,00003 mg/L). L’étude révèle que ces cours d’eau subissent une pollution liée aux pesticides et aux métaux lourds engendrant la contamination des poissons. Ces résultats permettront d’actualiser les données scientifiques de la zone et d’amener les autorités à la prise des mesures fortes afin de protéger ces cours d’eau.