Cette étude a pour objectif de connaitre la dynamique spatio-temporelle des nauplii de copépodes, principaux constituants du zooplancton et maillon essentiel de la chaîne trophique. Pour ce faire, des prélèvements mensuels d’eau et de zooplancton ont été effectués sur 05 stations dans le secteur IV et V de la lagune Ebrié pendant un cycle annuel. Les résultats de cette étude montrent que les nauplii de Copépodes sont plus abondants en saison des pluies (moyenne 10,55 ind/L) qu’en saison sèche (moyenne 5,21 ind/L). La plus forte densité a été observée à la station Mopoyem (31,27 ind/L) et la plus faible densité a été enregistrée à la station Ahua (0,34 ind/L). L’étude de la corrélation entre les paramètres physico-chimiques et l’abondance des nauplii des copépodes montre que la densité des nauplii est fortement influencée par la concentration en ammonium dans le milieu durant la saison pluvieuse, tandis qu’en saison sèche, les nitrites exercent une corrélation positive et significative sur la densité des nauplii de copépodes. Les résultats obtenus sur les nauplii de copépodes servent d’indicateurs clés pour évaluer la santé écologique du milieu, suivre les dynamiques de reproduction du zooplancton et anticiper la productivité halieutique des écosystèmes aquatiques.