Ce travail étudie l’effet de deux herbicides sur le nombre et la densité des microflores intervenants dans la dégradation de cellulose, amylose et la pectine et sur le processus de l’ammonification, nitritation, nitrification et dénitrification (le cycle biogéochimique de carbone et de l’azote) dans les sols du périmètre irrigable de bounamoussa situé dans l’extrême nord-est d’Algérie. Nous avons choisi deux types sols à texture différent, qui connut depuis 1968 l’utilisation d’herbicide par les agriculteurs. Les produits les plus utilisés sont glyphosate et 2.4-D. Pour répondre à cette problématique, les différentes catégories de ces groupes ont été étudiées en utilisant les méthodes proposées par Pochon et Tardieux (1962). Nous avons dénombré les groupes fonctionnels cultivée sur milieu liquide ensuite, Nous avons mené des incubations au laboratoire (bactéries protéolytiques, ammonifiants, nitreux, nitriques et dénitrificateurs ; germes amylolytiques, pectinolytiques et cellulolytiques). On résulte que les deux herbicides influent négativement de tel manière provoque de diminutions de la densité des groupes des microflores cellulolytiques, Pectinolytiques, Amylolytiques, Ammonificateurs, nitreux, nitrifiantes, dénitrifiantes et Protéolytiques. En effet, nous notons par exemple, sous l’influence du glyphosate sur le processus d’amylolyse une diminution de cet catégorie (amylolytiques) par 87 10 3 ufc / mL comparativement la densité atteint 9 10 5 ufc / mL dans le S1 témoin. Aussi, il s’ensuit que l’effet nocif du 2.4-D plus accentué que le glyphosate et la mortalité causé par ces produits atteindre presque 10 % dans les sols sableux.