Au Cameroun, principalement dans sa partie septentrionale, le coton est cultivé depuis plusieurs années par une majeure partie des exploitations agricoles, et reste la culture commerciale dominante. L’un des défis de cette culture est le maintien de la fertilité des sols. L’utilisation des engrais minéraux, devenus la principale voie d’amendement des sols a contribué à l’acidification des sols. La recherche d’alternatives aux fertilisants chimiques dans le système de culture du coton a conduit à tester l’effet des fertilisants organiques sur les performances agro morphologiques du cotonnier. L’étude a été conduit à Maroua sur les parcelles expérimentales de l’Ecole Nationale Supérieure Polytechnique de l’Université de Maroua. Le dispositif expérimental était un bloc de Fisher à quatre traitements (Compost, Tourteau d’amande de graines de neem, Fientes de volaille et un témoin sans fertilisation) et trois répétitions. Les paramètres de croissance et de rendement ont été mesurés. Les résultats obtenus ont montré que l’apport des fertilisants organiques a amélioré significativement la Capacité d’Echange Cationique (CEC) du sol et les teneurs en magnésium, en phosphore et en calcium. Par ailleurs, les fertilisants organiques utilisés ont significativement et positivement influencé les paramètres de croissance mesurés (Diamètre au collet, croissance de la plante et nombre de branches) et les paramètres de rendement (nombre moyen de capsules par plante et le rendement en coton grain). Les rendements de 962,30 kg/ha ; 855,51 kg/ha et 925,80 kg/ha ont été obtenus respectivement sur les parcelles ayant été fertilisées par le compost, les fientes de volaille et le tourteau de Neem, contre 532,63 kg/ha sur la parcelle témoin n’ayant reçu aucune fertilisation. Ces résultats suggèrent que ces fertilisants organiques peuvent être utilisés comme alternatives aux fertilisants chimiques.