Au Sénégal, l’intérêt pour l’élevage ovin a connu un essor considérable ces dernières décennies aussi bien en milieu rural qu’urbain. Conscients des enjeux socio-économiques de cette activité, de plus en plus de particuliers (commerçants, fonctionnaires, boulangers, etc.) s’y adonnent comme une activité secondaire génératrice de revenus. Malgré l’ampleur que prend la pratique de cet élevage, la caractérisation génétique des races ovines reste sommaire. Ainsi, l’objectif de la présente étude était de faire une discrimination génétique de deux races locales ovines, le Ladoum et le Touabire à partir du gène mitochondrial Cytochrome B. L’échantillonnage a été réalisé dans la région de Dakar pour le mouton Ladoum et dans la région de Louga pour le mouton Touabire. Le matériel biologique utilisé était du sang total prélevé à partir de la veine jugulaire des animaux et a servi à l’extraction d’ADN. La méthode PCR-séquençage a été utilisée pour discriminer les populations raciales. Au total, 59 séquences dont 32 Ladoum et 27 Touabire d’une longueur de 949 pb ont été obtenues. Le gène du Cytochrome B a présenté une plus grande variabilité dans la population Ladoum avec 28,2 % de sites variables contre 19,5 % dans la population Touabire. Les indices de diversité nucléotidique et haplotypique sont respectivement de 0,933 et 0,075 pour les Ladoum et de 0,897 et 0,039 pour les Touabire. Les valeurs de distance génétique intra-population ont révélé une plus grande stabilité de la population Touabire avec une valeur de 0,042 ± 0,003 comparée à la population Ladoum où elle s’est élevée à 0,089 ± 0,006. Les relations phylogénétiques ont souligné la présence d’une lignée maternelle unique regroupant les deux populations en un clade monophylétique. Les résultats issus de cette étude permettraient de considérer le mouton Ladoum comme une variété de la race Touabire. Cependant, il faudrait déterminer les autres races utilisées pour la stabilisation de la race Ladoum et de ses caractères phénotypiques spécifiques qu’on lui connait aujourd’hui.