Afin d'étudier l'impact des paramètres-physico-chimiques de l'eau sur les communautés de parasites métazoaires d’O. niloticus, 945 spécimens ont été récoltés dont 235 auprès des pêcheurs à Hêtin-Sôta sur le fleuve Ouémé (L3) et respectivement 364 et 346 spécimens provenant de deux fermes piscicoles situées à Porto-Novo (L1) et à Abomey-Calavi (L2) au sud du Bénin de septembre 2018 à février 2019. Au total, 14 espèces de parasites ont été répertoriées dont 03 Myxosporidies, 06 Monogènes, 01 Digène, 1 Cestode, 1 Nématode, 1 Acanthocéphale et 1 Copépode. La prévalence parasitaire variait de 0,55 % à 15,90 % contrairement à l'intensité moyenne et l'abondance moyenne qui variaient respectivement de 0,0055 à 1,24 et de 0 à 9 sur tous les sites investigués. Ce sont les Monogènes qui ont la fréquence élevée de dominance (0,73) en L2 et les Copépodes, la plus faible fréquence de dominance (0,01) en L1. Leur présence dans l'hôte est fortement corrélée (r > 0,5 ; p > 0.05) et O. niloticus était plus parasité par les Monogènes que d'autres groupes de parasites identifiés dans tous les milieux avec un parasitisme beaucoup plus marqué chez les femelles. Il n'existe aucune différence significative entre la prévalence de l'infestation parasitaire d'une station à une autre d’une part et, entre les individus mâles et femelles (χ2 = 3,0294; dl = 3 ; P = 0.08177) d’autre part. Ces parasites sont rares excepté certains Monogènes satellites retrouvés en L2 avec l'indice de dispersion des milieux d’étude variant de 0,98 à 15,67. La distribution des espèces parasitaires est massive sauf les Myxosporidies qui présentaient une distribution uniforme au niveau de la ferme d’Adogoni (L1) et le milieu naturel (L3). Il existe une forte corrélation entre les paramètres physico-chimiques et le parasitisme au niveau de chaque milieu d'étude.