La culture de la tomate est confrontée à de nombreux problèmes qui limitent sa production et une des contraintes est la baisse de la fertilité des sols. L’objectif de cette étude est d’évaluer les effets deux fertilisants biologiques (compost de Bokashiet compost enrichi de Trichoderma harzianum ) dans la production de la tomate et sur les paramètres physico-chimiques et microbiologiques des sols en zone sub-saharienne du Burkina Faso. Un dispositif en bloc de Fisher complètement randomisé constitué de 6 traitements avec 3 répétitions a été installé. Les traitements comparés étaient : T0 : témoin absolu ; T1 : Compost enrichi au Trichoderma harzianum + 175 kg ha-1 de NPK + 50 kg ha-1 d’urée, T2 : Compost enrichi au Trichoderma harzianum ; T3 : 350 kg ha-1 de NPK + 100 kg ha-1 d’urée ; T4 : Bokashi + 175 kg ha-1 de NPK + 50 kg ha-1 d’urée ; T5 : compost Bokashi. Les résultats montrent que le compost enrichi au Trichoderma harzianum (170 %)et le compost Bokashi (76 %) ont entrainé une augmentation significative du rendement par rapport au témoin. Les bio-fertilisants seuls ont contribué à maintenir la neutralité du pH du sol et améliorer très sensiblement sa teneur en C, N, P et K. Le compost enrichi au Trichoderma harzianum se révèle être plus efficace dans la production de la tomate et sur les propriétés du sol comparativement au compost Bokashi. Ce dernier (Bokashi ) n’est efficace qu’en association avec la fumure minérale vulgarisée (FMV). En effet, l’association compost Bokashiplus ½ FMV a entrainé une hausse de rendement de 274,5 % par rapport à T0. La vulgarisation de ces biofertilisants à la dose de 0,5 t/ha pourrait être recommandée pour une production durable de la tomate dans les zones sahéliennes du Burkina Faso.