L’objectif de cette étude est d’évaluer les impacts des pratiques d’hygiène et d’assainissement sur les eaux de surface et souterraines dans une zone a habitat spontanés en saison pluvieuse dans la ville de Yaoundé, Cameroun. La méthodologie a consisté à faire une géo- refenciation de potentielles sources de pollution, les enquêtes par questionnaires administrés aux résidents de la zone d’étude ainsi que les analyses physicochimiques et bactériologiques des échantillons d’eau par des techniques standards. Les dispositifs d’assainissement autonome constituent le principal mode de collecte des excrétas avec les latrines à canon représentant le plus grand pourcentage (44 %). En outre 52 % des enquêtes pensent que les déchets ne sont pas collectes par la société en charge d’hygiène et salubrité d’où la présence de dépôt sauvage dans la plupart des quartiers de la ville de Yaounde. Les paramètres physicochimiques des eaux de surface et souterraines analyses n’ont montré aucune dégradation de leurs qualités selon les normes de l’OMS. Les échantillons d’eaux souterraines ont révélé la présence de coliformes fécaux (63,5 UFC/100 mL) au-dessus des normes recommandées par l’OMS (0 UFC/100 mL) et une présence d’indicateurs de pollution fécale relevée dans les eaux de surface, bien qu’ayant des concentrations faibles. L’amélioration des pratiques d’hygiène et d’assainissement s’impose pour une sécurité environnementale et sanitaire.