L’objectif de cette recherche est de caractériser la structure des communautés de métazoaires parasites de Parachanna obscura dans la rivière Sô au Sud du Bénin. Cinq cent quarante (540) spécimens de Parachanna obscura de différentes tailles ont été échantillonnés sur trois sites le long de la rivière Sô : Tota, Ahomey, et Ganvié, de novembre 2016 à octobre 2017. Des mesures de paramètres physico-chimiques usuels ont été effectuées. Neuf (09) espèces de métazoaires parasites (3 nématodes, 4 digènes, 2 cestodes et 1 acanthocéphale), avec des différences très significatives (P = 0,001) entre les prévalences de ces groupes de parasites, l’infestation des mâles et des femelles (P = 0,001). La corrélation entre les paramètres physico chimiques et les prévalences des parasites montre que les paramètres physicochimiques ont une influence sur la répartition des parasites à Ganvié. Par contre, la salinité et la conductivité influencent la répartition des parasites respectivement à Ahomey et Tota. Parmi les quatre groupes de parasites recensés, seuls les nématodes présentent de fortes interactions avec la qualité physicochimique de l’eau de la rivière.