Dans la perspective de promouvoir la gestion durable des zones humides de la ville de Yaoundé (Cameroun) et ses environs, le présent travail étudie l’influence des facteurs biotopiques sur les stocks de carbone des marécages à herbacées. Les organes aérien et souterrain des individus ont été récoltés au niveau de chaque type de marécage dans 10 placettes de 10 m x 10 m selon la méthode destructive classique de référence. Une analyse des données collectées sur le terrain a été effectuée autour des tests de corrélation et de l’analyse en composantes principales. Les résultats obtenus montrent que le marécage à Cyperus papyrus stocke plus de carbone comparativement aux marécages à Cystosperma senegalense, Echinochloa pyramidalis et à Rhynchospora corymbosa. Les variables telles la texture argileuse, le drainage, la profondeur du sol, le recouvrement par la végétation et la situation sur la pente sont les facteurs biotopiques qui influencent de façon significative ce stock de carbone. Ainsi, leur meilleure connaissance permet l’adoption des stratégies idoines de conservation et gestion durable de ces milieux actuellement soumis à une anthropisation.