L’objectif de cette étude est d’évaluer l’incidence de la bactériose du cotonnier causée par Xanthomonas citri pv. malvacearum sur les trois variétés conventionnelles en production commerciale au Burkina Faso. L’étude a consisté à effectuer des prospections et collectes d’échantillons au cours de deux saisons humides de production dans les trois zones cotonnières. A partir des échantillons collectés, des isolements ont été effectués pour confirmer l’agent pathogène par des tests de pouvoir pathogène. En outre, pour évaluer la résistance des variétés, des inoculations ont été réalisées avec les souches des races 18 et 20 de X. citri pv. malvacearum en conditions semi contrôlées. Les résultats montrent que la bactériose sévit dans toutes les zones cotonnières, avec des niveaux d’incidence variable en fonction des variétés, du site de production, et ce d’une année à une autre. Les plus fortes incidences ont été enregistrées dans les zones de Faso Coton (48,73 %) et Socoma (48,28 %) alors que la zone Sofitex plus étendue, n’a enregistré que 18,9 % de taux d’incidence moyenne. Le criblage des trois variétés conventionnelles a confirmé leur sensibilité aux deux races de l’agent pathogène avec uneforteagressivité de la race 20comparativement à la race 18. La variété FK37 a montré une faible sensibilité en infection foliaire et pourra être recommandée dans les zones cotonnières où sa culture est adaptée.