Les zones de pêcherie de la Basse Vallée de l’Ouémé subissent une modification perpétuelle des caractéristiques physico-chimiques de leurs eaux au cours de l’année. Afin d’identifier les paramètres physico-chimiques caractéristiques et la nature organique actuels de ces zones, 14 de ces paramètres ont été mesurés dans seize (16) zones de pêcherie identifiées le long du cours du fleuve Ouémé, entre mai 2015 et juin 2016. Une analyse factorielle discriminante a permis d’isoler les paramètres physico-chimiques qui reflètent réellement la nature du milieu. Ce sont des paramètres qui présentent des différences de moyenne non significative entre périodes hydrologiques au seuil de 5 %. Ainsi, différents tests de structuration ont été réalisés pour caractériser les pêcheries. Un indice de pollution a permis d’apprécier le niveau de pollution des eaux de ces pêcheries. Les résultats ont révélé que les ions