Une étude ayant pour but de statuer sur la présence des kystes des amibes intestinales et les risques que cette possible présence font courir aux différents acteurs en contact de proche (agriculteurs) et / ou de loin (consommateurs) avec la ressource « eaux usées » dans la ville de Yaoundé a été menée de Novembre 2013 à Avril 2014. Pour cela, les bas-fonds de quatre quartiers ont été retenus pour les échantillonnages. Il s’agit des quartiers Ekounou, Etoug-Ebé, Nkolbisson et Mokolo. Les analyses physico-chimiques révèlent que les eaux exploitées pour l’agriculture maraîchère à Yaoundé sont légèrement acides, fortement minéralisées et riches en matière oxydable. De plus, les kystes de six (06) espèces d’amibes intestinales ont été identifiés dans ces eaux. Il s’agit de Entamoeba histolytica, E. coli, E. poleckii, E. hartmanni, Endolimax nanus et Pseudolimax butschlii. Les densités de ces kystes varient entre un minimum de 159,33 ± 54,21 kystes / L au niveau des bas-fonds du quartier Etoug-ébé, et un maximum de 354,67 ± 220,15 kystes / L au niveau des bas-fonds du quartier Mokolo. Les densités moyennes de ces kystes dans les eaux varient très peu et ceux en fonction de la conductivité électrique et les teneurs en orthophosphates des eaux qui évoluent en sens contraire avec les densités, et les MES, turbidité, couleur qui augmentent avec les densités des kystes. Les kystes des six espèces d’amibes intestinales retrouvées dans les eaux ont également été identifié sur les feuilles des légumes (Lactuca sativa, Amaranthus viridis et Solanum nigrum). Les densités moyennes des kystes sur les feuilles des plantes ont varié de 14,65 ± 15,07 kystes / 100 g de matière végétale à Mokolo à 50,22 ± 22,04 kystes / 100 g de matière végétale à Nkolbisson avec les pics enregistrés au cours de la saison des pluies, ceci dû à l’inondation des champs.