L’anguille européenne est un poisson vulnérable par son cycle de vie complexe et par l’impact de la pollution de la quasi-totalité des milieux aquatiques dulcicoles et par la gravité et la diversité de ses parasites (Endoparasites ou ectoparasites). Il est classé dans le livre rouge des espèces menacées. Les ectoparasites constituent la principale pathologie parasitaire de l’anguille soit dans le milieu naturel ou dans les élevages de grossissement. Les anguilles sont collectés dans deux milieux différents des côtes atlantiques Marocaines : l’estuaire de Sebou et la lagune de Moulay Bousselham, pour la recherche des parasites ; 83,87 % des poissons sont infestés dans la lagune, tandis que seulement 70,9 % dans l’estuaire. La présence de quatre espèces des ectoparasites qui infestent l’anguille dans notre milieu d’étude : deux helminthes (Monogenes) fixés sur les arcs branchiaux, un Copépode émergé dans la cavité buccale et branchiale et une larve d’Isopode fixée sur la peau et les nageoires. De cette étude on peut déduire que le stade de développement du poisson et les facteurs du milieu qui colonise (la température, la salinité et les polluants) ont une influence sur l’infestation par ces parasites. Les estuaires et les lagunes constituent un milieu très important pour la préservation et la désinfection des anguilles parasitées.