La prolifération de plantes exotiques envahissantes dans les écosystèmes terrestres et aquatiques représente l’une des menaces majeures pour la biodiversité. De plus, la production de déchets organiques ne cesse pas d’augmenter en raison de la croissance démographique, de l’industrialisation et de l’urbanisation. Cette étude a pour objectif de caractériser les substrats utilisés dans la digestion anaérobie et d’optimiser la production de biogaz à partir de ces substrats. Le processus de digestion anaérobie a été réalisé en mode batch et différents paramètres physico-chimiques ont été mesurés avant et après la digestion anaérobie selon des méthodes standards. Cette digestion a été réalisée dans des digesteurs de 4 litres dans lesquels ont été introduit 4kg du mélange Substrat/Inoculum. En effet, 3 scénarios du mélange P.stratiotes-Rafles, E.crasipes-Rafles et E.crasipes, Rafles - E.crasipes avec l’inoculum dans les rapports (S/I) 3/1, 2/1 et en plus du témoin ont été réalisé. Les résultats montrent que le rapport 2/1 génère une production élevée de biogaz et de méthane. Le mélange P.stratiotes-Rafles a produit 17440 ml de biogaz et 68,6 % de méthane, tandis que le mélange E.crasipes-Rafles-P.stratiotes a produit 17830 ml de biogaz et 72,1 % de méthane. Le mélange E.crasipes-Rafles quant à lui a généré 17890 ml de biogaz et 76,8 % de méthane. Cette importante production pourrait servir à la valorisation en bio-méthane et en énergie électrique dans le but de générer du profit à la population.