Au cours de cette étude nous avons mesuré les paramètres physicochimiques (T°C, pH, Salinité, oxygène dissous, turbidité) in situ par un appareil multi paramètre portatif HI 9828 Hanna et les teneurs en métaux lourds (cadmium, plomb, zinc, cobalt, nickel et mercure) ont été données par spectrométrie d’absorption atomique dans les eaux et les sédiments prélevés au mois d’avril. A la basse des résultats obtenus au niveau des paramètres physico-chimiques et chimiques mesurés dans l’eau et dans les sédiments, nous avons constaté une légère diminution de la salinité en avril, le pH est proche de la neutralité avec une faible mobilité des métaux et une élévation de la teneur de l’oxygène dissous et de la turbidité au niveau des stations K15 et K16 soumises aux influences directes des eaux marines oxygénées et des rejets des eaux usées du village de l’île Bokhinènè. Les teneurs des métaux lourds à l’exception du mercure et du cadmium qui ont des concentrations plus faibles dans les eaux et dans les sédiments sont élevées au niveau des stations de l’embouchure (K15 et K16); dans l’eau suivant l’ordre [Plomb (630µg/L)) > Cobalt (604µg/L) > Nickel (472µg/L) > Zinc (189µg/L)] et dans les sédiments suivant l’ordre [ Plomb (0,712µg/g) >Cobalt (0,665µg/g) > Nickel (0,616µg/g > Zinc (0,230µg/g), ], ce qui montre l’impact direct des déchets déversés au niveau de l’île de Bokhinènè, sur la qualité physico-chimique et métallique des eaux et des sédiments de l’estuaire.