L’Algérie est l’un des pays les plus affecté par la rareté des ressources en eau, et la mauvaise répartition des précipitations, à laquelle il faut ajouter le problème de pollution des ressources en eau. Les procédés d’épuration les plus utilisé en Algérie sont les stations des boues activées et les stations de lagunage naturel. En Algérie, le lagunage naturel se présente comme la meilleure solution, il n’exige que des efforts minimaux d’entretien, d’opération et de maintenance, la mécanisation est presque’ absente. En plus ce système est le meilleur procédé d’épuration du côté bactériologique, pour cette raison nous avons effectué une recherche sur les performances épuratoires de lagunage naturel en Algérie. Pour aboutir à ce but, nous avons choisi deux stations de lagunage naturel fonctionnel, station de Sidi Senoussi et station d’El Emir Abel Kader. Nous avons analysé les eaux entrantes et sortantes des deux lagunages, les paramètres analysés sont : (MES, DBO ; DCO, PH , N-NH4 + N-NO3 ) durant les années 2010 ,2011 et 2012 pour le lagunage d’El Emir et 2010 ,2011 pour Sidi Senoussi. D’après les résultats nous avons conclu que le lagunage naturel ne suffit pas pour préserver l’environnement, il faut ajouter d’autres ouvrages d’épuration pour aboutir à la qualité requise pour la préservation de l’environnement, ou bien pour une éventuelle réutilisation. Nous proposons l’ajout des bassins de filtre planté à l’aval des bassins de lagunage naturel.