La culture cotonnière au Burkina Faso est l’objet de nombreuses bioagressions. Cette étude a été initiée afin de diagnostiquer les problèmes phytosanitaires du cotonnier et d’évaluer leurs impacts sur la production. Pour ce faire, des prospections-collectes ont été conduites en 2021 et 2022 dans des localités situées dans les principales zones de productions cotonnières à savoir les régions de la Boucle de Mouhoun, des Hauts Bassins, des Cascades, du Centre-sud et du Sud-ouest. L’étude a permis d’identifier divers agents pathogènes d’ordre fongiques, bactériens et viraux. Les principaux sont : Fusarium sp, Phoma sp, Cercospora sp, Aspergillus sp, Lasiodiplodia sp, Botryodiplodia sp, Xanthomonas citri pv. malvacearum et Cotton leaf curl virus. Ces agents pathogènes sont associés à des symptômes dont les principaux sont les pourritures capsulaires, les dessèchements, les taches nécrotiques et huileuses, les retards de croissance, les virescences foliaires, les rougissements de feuilles. En 2021, les indices de sévérité des maladies fongiques se situent entre 29,4 et 66,6 % contre 22,67 et 66,67 % pour la bactériose vasculaire. En 2022, les indices de sévérité des maladies fongiques varient de 24 à 70 % contre 16 à 80 % pour la bactériose vasculaire. Cette forte prévalence a induit des pertes moyennes de rendements de productions qui se situent entre 200 et 270 kg/ha en 2021 et entre 43 et 393,75 kg/ha en 2022. Ces résultats montrent que le cotonnier au Burkina Faso est fortement inféodé à plusieurs agents pathogènes et qui limitent considérablement sa production. Des mesures phytosanitaires s’imposent dans ce cas pour augmenter qualitativement et quantitativement la production cotonnière au Burkina Faso.