La présente étude a pour but d’évaluer les modalités de contamination agricole des eaux de l’Ouémé supérieur au nord Bénin. Le guide d’entretien semi-structuré a permis d’avoir une vue d’ensemble sur les pratiques culturales et les modalités de contaminations. Cent quatre-vingt-dix (190) chefs ménages agricoles dans (04) quatre communes ont fait l’objet de l’étude. La statistique descriptive a été réalisée sur les données liées aux techniques agricoles et les pressions anthropiques sur l’environnement d’une part puis les méthodes de lutte contre les ravageurs d’autre part. Une Analyse Factorielle des Correspondance (AFC) a été réalisée avec le logiciel R version 3.5.0 afin de mettre en relation l'utilisation des produits phytosanitaires et les productions agricoles d’une part et d’autre part pour établir le lien entre les érosions des terres et les pressions sur les eaux de surface. Le ruissellement est décrit comme une voie de transfert d’eau et des contaminants vers les eaux de surface. L’augmentation des surfaces cultivables, les feux de brousses, le déboisement sont les différentes pressions anthropiques sur l’environnement. Toutes les zones de l’étude sont soumises à une énorme pression agricole. Les couverts végétaux sont détruits et favorisent la mise à nue des terres et par conséquent favorisent l'augmentation du ruissellement. Le taux élevé (82 %) d’application de la lutte chimique par les producteurs dans le système agricole contribue à la contamination des eaux de surface. L'usage agricole des produits phytosanitaires et l’érosion des terres sont aussi responsables de la contamination des ressources en eau. La contamination des eaux est rapportée à la fonction du milieu dans lequel elle est observée.