Cette étude porte sur la lagune de Gbaga située dans le complexe fluvio-lagunaire Sud-ouest béninois qui assure une communication naturelle entre le cours inférieur du fleuve Mono et le système lagunaire de la zone côtière du Togo. La méthodologie utilisée est basée sur des mesures bathymétriques par échosondeur, des analyses sédimentologiques par tamisage et l’extraction des minéraux lourds. Les résultats des analyses bathymétriques de la lagune indiquent des profondeurs variant de -0,18 à -2,24 m du pont de Zébé à NikouéCondji, tandis que ces profondeurs passent brusquement de -2,14 à -3,81m de Nikoué-Condji et Agbanankin. Le fond lagunaire est tapissé de matériaux sableux et sablo-argileux du centre vers l’aval, tandis que la partie amont encombrée de végétaux divers, enracinés au fond ou flottants, ne reçoit que des particules fines, siltoargileuses et présente les zones les plus profondes de la lagune. La présence des cortèges de minéraux à staurotide, sillimanite, à grenats et zircon en provenance du plateau d’Atitogon qui jouxte la rive nord de cette lagune confirment la provenance de ces sédiments dans la partie avale. L’abondance des minéraux opaques dans la partie amont indique que les particules fines, silto-argileuses de ce secteur sont issues de la vaste plaine d’inondation du Mono. Ces résultats expliquent le processus de comblement de la lagune de Gbaga.