Le Bassin Sédimentaire Côtier du Bénin fait partie du vaste domaine sédimentaire de la Baie de Dahomey, qui s’étend de Ghana à l’Ouest au Nigéria à l’Est. Ces dépôts ont une structure monoclinale séparée par les vallées des principaux cours d’eau (Ouémé, Couffo et Mono) et caractérisée par une subsidence différentielle croissante vers le SSE. L’objectif de cette recherche est d’étudier les facteurs qui contrôlent les anomalies thermiques qui s’observent au niveau des forages à eau jaillissante dans certaines zones du BSC du Bénin. La présente étude basée sur la cartographie, télédétection, la gravimétrie et l’analyse des logs des forages disponibles fait une étude structurale des aquifères jaillissants, responsables de l’hydrothermalisme dans certaines zones du Bassin Sédimentaire Côtier du Bénin. Les forages à eau jaillissante sont géneralement repartis dans les vallées des principaux cours d’eau du BSC avec une température qui atteint 69°C par endroits. La projection des points des sites d’eau thermale sur les cartes de la derivée horizontale (dx, dy) et vertical (dz) de l’anomalie de Bouguer montre que les sites d’eau thermale sont répartis dans les zones d’anomalie négative. La méthode de déconvolution d’Euler a permis d’estimer les profondeurs moyennes des sources d’anomalies gravimétriques entre 600 m et 2100 m avec des fracturations de directions preferentielles NE-SW et NNE-SSE. La confrontation des linéaments gravimetriques à ceux extraits à partir des images satéllitaires apres leurs callages avec la carte géologique du BSC montre que les sites d’eau thermale sont répartis dans les zones d’anomalie négative, le long des failles conjuguées dans les vallées des principaux cours d’eau du BSC.