La présente étude vise à identifier les pesticides utilisés en production cotonnière le long de la rivière Sota afin de déterminer leurs effets sur les caractéristiques physico-chimiques de l’eau et sur la communauté des macroinvertébrés benthiques de la rivière Sota. L’enquête menée auprès de 150 producteurs de coton a permis de recenser les différents types de pesticides utilisés. La mesure des paramètres physico-chimiques de l’eau et l’échantillonnage des macroinvertébrés ont été effectués en période de crue dans six stations. Une Analyse en Composantes Principales (ACP) et une Analyse Canonique de Correspondances (ACC) ont été utilisées respectivement pour réaliser la typologie abiotique des stations et pour mettre en correspondance les macroinvertébrés et les variables environnementales. Les indices de diversité de Shannon, de Piélou, de Hilsenhoff, EPT et EPT/Chironomidae ont été utilisés pour apprécier les effets des pesticides sur les macroinvertébrés. L’étude révèle que l’Atraforce 30,19 % ; le Califor G 30,19 % ; Kalach 33,96 % sont les herbicides les plus utilisés alors que Décis 26,73 % ; Cotofan 34,04, Tihan 26,53 % sont les insecticides qui sont les plus utilisés. L’analyse des paramètres physico-chimiques a montré que les pesticides ont entraîné une augmentation de la conductivité et du Taux de solide dissous. La macrofaune récoltée est de 4601 individus macroinvertébrés benthiques répartis en quatre classes (Arachnides, Crustacés, Vers et Insectes), 32 familles et 14 ordres. Cette faune aquatique est majoritairement dominée par les insectes (86 %) et les vers 14,06 %. Les familles les plus dominantes sont les chironomidae (39,03 %), les Simuliidae (35,38 %) et les oligochètes (12,17 %). Ce qui révèle la mauvaise qualité des eaux de la rivière Sota dans cette zone agricole. Elle est aussi justifiée par les faibles valeurs des indices de Shannon, de Piélou, d’EPT, d’EPT/C et les fortes valeurs de l’indice de Hilsenhoff.