Le virus de la mosaïque en tirets des bananiers ou Banana streak virus (BSV) décrit en Côte d’Ivoire en 1958 affecte la croissance du bananier, le rendement et la qualité des fruits et constitue une entrave à l’échange de germoplasmes. L’objectif de cette étude est d’évaluer la prévalence de deux isolats de BSV (BSOLV et BSGFV) sur les bananiers plantains et de dessert dans les zones de production du sud et sud - est de la Côte d’Ivoire. A cet effet, une collecte d’échantillons symptomatiques a été effectuée dans six localités (Aboisso, Adiaké, Agboville, Alépé, Tiapoum et Tiassalé) appartenant à trois régions (Agnébie-Tiassa, La Mé et Sud-Comoé). Les échantillons ont été analysés par le test de la Réaction de Polymérisation en Chaîne (PCR) en utilisant les amorces spécifiques aux isolats BSOLV et BSGFV. L’indexage des échantillons indique que les bananiers plantains sont plus sensibles au BSV que les bananiers de dessert avec des taux d’infection respectifs de 85 % et 15 %. L’isolat BSOLV est le plus prépondérant avec une prévalence de 56,4 % suivi de l’isolat BSGFV avec 26,3 %. Les infections mixtes BSOLV et BSGFV représentent 17,4 %. Les variétés de bananiers plantains faux corne et French ont les taux d’infection les plus élevés aux deux isolats de BSV tandis que la variété de dessert Figue sucrée a le taux d’infection le plus faible. La diversité des isolats du BSV limite la fiabilité du test PCR, l’analyse des échantillons doit être effectuée par les techniques de détection plus pousées telles que l’immunocapture-PCR et la Rolling Circle Amplification (RCA) pour discriminer les séquences endogènes et épisomales de BSV. Cette analyse devra être suivie par le séquençage du génome des isolats identifiés.