Situés au Sud-Ouest du Bénin, le lac Ahémé et ses chenaux constituent un ensemble de plans d’eau, composé par le chenal Ahô, le canal de Tihimey, la lagune côtière de Grand-Popo et la lagune côtière de Ouidah. La présente étude vise à évaluer la qualité physico-chimique de l’eau de ces écosystèmes aquatiques soumis aux fortes pressions anthropiques. Ainsi, les mesures des paramètres physico-chimiques ont été réalisées d’octobre 2016 à septembre 2017 sur 19 stations d’échantillonnage. Elles ont été effectuées in situ avec des multimètres de marque HANNA de 7h à 11h. Les variations des paramètres ont été testées avec le test de Kruskal-Wallis et la typologie des stations a été déterminée avec l’Analyse en Composante Principale. Les variations spatio-temporelles des paramètres ont été représentées à l’aide des boîtes à moustaches. Les résultats ont montré que la température, la transparence, le pH, l’oxygène dissous, le taux de concentration en oxygène, la profondeur et la salinité sont des paramètres qui varient dans l’espace et dans le temps, suivant le plan d’eau. Les eaux sont caractérisées par de fortes valeurs des paramètres de minéralisation et de faibles teneurs en oxygène dissous. L’ordination des stations en fonctiondes variables environnementales a affiché un gradient de salinité et de minéralisation lié aux pressions anthropiques. La connaissance de ces conditions permet d’apprécier l’équilibre écologique de ces plans d’eau.