L’aquifère côtier du Quaternaire situé au sud de la commune de Sèmè-Kpodji fait face à l’intrusion saline en provenance de l’Océan Atlantique. Cette intrusion est exposée aux risques anthropiqueset climatiques. Pour caractériser cette intrusion saline, un ensemble de techniques géophysiques a été mise en œuvre afin de délimiter l’interface eau douce-eau salée dans cet aquifère. Les sondages électriques verticaux (VES) ont permis de vérifier l’hétérogénéité de la zone non-saturée et les sondages en Time Domain Electromagnétisme (TDEM) d’estimer la profondeur du toit de biseau salé. L’extension latérale de l’intrusion saline a été cartographiée par la méthode électromagnétique fréquentielle (EM-CD) et corrélée par la conductivité de la nappe. Les résultats de cette étude ont montré que la zone non saturée renferme des lentilles d’argiles. La profondeur du toit de l’interface augmente avec la distance au rivage pour atteindre en moyenne 38m à 2km de la ligne de côte avec un pendage variant de 15 à 1,3 %. La cartographie de l’extension latérale de l’interface eau douce - eau salée a montré que les conductivités électriques passaient de 100 mS/m sur la plage à 5-10 mS/m lorsqu’on s’éloigne de 300 m du rivage puis à moins de 2 mS/m à 1.5 km du rivage. De cette étude il ressort donc que les côtes béninoises à l’Est du chenal de Cotonou dans la localité de Sèmè-Kpodji sont moins vulnérables à l’intrusion saline qu’à l’Ouest du chenal dans la localité de Togbin.