Le phénomène de la variabilité hydroclimatique constitue de nos jours une sérieuse entrave au développement des écosystèmeshalieutiquesau Tchad. Les caractéristiques sont la baisse continue du niveau des eaux de surface, la mauvaise répartition spatio-temporelle des pluies et l'augmentation des températures.L’objectif de cette étude est d'établir une relation entre l'évolution du niveau du fleuve Logone en fonction de la variabilité climatique et la raréfaction des espèces piscicoles dans le bassin supérieur du Logone. La méthodologie est basée sur l'analyse des données pluviométriques et hydrométriques de 1946-2001 des trois stations hydroclimatologiques de Baïbokoum, de Moundou et de Laï. Un échantillon de 15 pêcheurs et personnes ressources ont été enquêté par site. Les résultats ont montré que la décennie 1981-1990 a connu une baisse pluviométrique drastique et que l’année 1985 a connu une sévérité jamais égalée. Les répercussions sur le plan hydrologique se sont traduites par de faibles débits qui ont influencées directement sur les ressources piscicoles du bassin du moyen Logone. Ainsi, plusieurs espèces de poisson se sont raréfiées tandis que d'autres ont diminué de forme.