La présente étude vise à évaluer la qualité microbiologique des poissons consommés dans la ville de Bukavu. Pour ce faire, une enquête semi-structurée couplée aux analyses microbiologiques a été menée auprès des vendeurs de deux espèces de poissons frais dont Oreochromis niloticus et Lates niloticus. Les principaux germes recherchés sont la Flore Aérobie Mésophile Totale (FAMT), les coliformes fécaux, les Staphylococcus aureus et Salmonella spp. Les principaux résultats révèlent que les vendeurs de poissons sont majoritairement des femmes (89,3 %), âgés de 45 ans et sans aucun niveau d’étude. Les règles d’hygiène et les techniques de conservation sont presque inexistantes chez ces vendeurs. Staphylococcus aureus (7,3.102 à 3, 1.103 ufc/g pour Oreochromis et 6,1.102 à 5,3. 103 ufc/g pour Lates), coliformes fécaux (6,3.102 à 1,3. 103 ufc/g pour Oreochromis et 6,7.102 à 3,2.104 ufc/g pour Lates) et la flore mésophile aérobie totale (5,4.102 à 1,1.104 ufc/g pour Oreochromis et 1,1.103 à 1,5.104 ufc/g pour Lates) sont les germes qui colonisent les poissons frais et sont issus de la contamination exogène. Aucune différence significative (p < 0.05) n’a été observée entre les deux espèces. En conclusion, le déficit des moyens de conservation des poissons et le non-respect des règles d’hygiène contribuent énormément à la prolifération de ces germes pathogènes.