Cette étude a été menée, en vue d’évaluer les effets des fertilisants animaux (lisier de porc et fiente de canard) et de leur pré-séchage, sur la qualité microbiologique de l’eau des étangs et la salubrité du poisson. Les analyses microbiologiques ont permis d’isoler les germes microbiens de l’eau et du poisson (muscle et intestins), en lien avec les sources de fertilisation des étangs. Ainsi, 990 alevins de tilapia Oreochromis niloticus (poids moyen 2,1 ± 0,1 g, longueur moyenne 4,9 ± 0,1 cm) pêchés dans le Fleuve Congo (Kinshasa, RD-Congo) ont été élevés dans 18 étangs, en raison de 2 alevins/m2, soit 55 alevins/étang de 25 m2. Les résultats révèlent des charges bactériennes mineures sur des échantillons analysés, mais plus élevées sur ceux associés à l’utilisation des fertilisants animaux, et ceci avec une légère prédominance pour le lisier de porc par rapport à la fiente de canard. Les prévalences et les infections bactériennes ont été supérieures dans l’eau des étangs et dans les intestins de poissons, par rapport aux muscles lesquels n’ont été colonisés que par des infections bactériennes très mineures. Le pré-séchage des excréments a réduit les infections dans les échantillons, comparé au traitement à l’état frais. Les infections mineures enregistrées dans les muscles sont associées aux agents de toxi-infections alimentaires (Salmonelles, Shigella spp, E. coli, etc.) et ne rendent pas les poissons produits impropres à la consommation, s’ils sont convenablement cuits.