L’objectif de l’étude est d’évaluer la qualité physico-chimique des eaux de la rivière Alibori. Les mesures et les dosages ont été réalisés de juin 2015 à mai 2016. Les mesures des paramètres physico-chimiques ont été effectuées in situ et les nutriments dosés par la méthode chromatographique ICS 1000. Les données ont fait l’objet d’analyse statistique descriptive pour caractériser la variabilité spatiale et temporelle des paramètres étudiés. Elles ont été aussi soumises à une Analyse en Composantes Principales (ACP) pour mettre évidence le regroupement des stations sur la base des facteurs abiotiques. Les résultats montrent que les eaux sont caractérisées par de fortes concentrations en sels dissous et de faibles teneurs en oxygène dissous. Ils révèlent, en outre, que les stations situées en aval de la rivière sont les plus minéralisées notamment pendant la saison des pluies. L’ordination des stations en fonction des variables environnementales révèle un gradient amont-aval suivant les paramètres et a défini une zonation longitudinale de la rivière Alibori.