Les eaux de puits sont à usage multiple. Dans le but d'évaluer le niveau de pollution microbienne des eaux de puits à usage domestique, une étude a été menée pendant la grande saison pluvieuse en 2015 sur 30 puits traditionnels dans les quartiers déshérités du sixième arrondissement de Cotonou. Une enquête sur la prévalence des maladies dans le secteur de recherche a été effectuée. L’étude a porté sur la recherche des indicateurs de contamination fécale (Coliformes totaux (CT) ; Coliformes thermotolérants (Cth) ; Escherichia coli et entérocoques par la méthode de filtration sur membrane et les Anaérobies sulfito-réducteurs (ASR) par l’ensemencement en profondeur). L'hygiène pose un véritable problème aux riverains. Les résultats d’analyse montrent qu’en dehors des entérocoques, les eaux de puits analysées sont contaminées par les autres germes recherchés. Les charges microbiennes moyennes sont de 4,819.103 UFC (Coliformes totaux) ; 1,791.103 UFC (Coliformes thermotolérants) ; 5,5.101 UFC (E. coli) ; < 1 UFC (Entérocoques) et 8 UFC (Anaérobies sulfito-réducteurs). L’origine de la pollution peut être attribuée à un déficit d’assainissement et d’aménagement des puits. Les maladies enregistrées au sein de la population peuvent être liées à la propagation des eaux stagnantes (paludisme) ; à l’ingestion d’une eau contaminée (diarrhées et affections gastro-intestinales) et au contact avec ces eaux (affections vaginales, affections dermatologiques et affections oculaires). L’amélioration de l’hygiène environnementale et personnelle constitue un moyen pour la réduction de la propagation de ces maladies.