La rivière Ntahangwa est l’une des six rivières affluentes du lac Tanganyika qui traversent la ville de Bujumbura. Elle reçoit une grande quantité de rejets urbains aussi bien domestiques qu’industriels sur son parcours vers le lac Tanganyika. La pollution des eaux du lac Tanganyika est une menace pour ses usages par les populations environnantes. Ce travail s'appuie sur une analyse chimique des substances nutritives (azote et phosphore) pour estimer les quantités annuelles de nutriments entrant dans le lac Tanganyika par la rivière Ntahangwa. Les analyses effectuées au cours de deux mois de la saison pluvieuse (avril et mai) et deux mois de la saison sèche (juin et juillet) ont fourni la base pour une estimation de flux annuels. L’étude montre que la pollution organique augmente d’amont en aval sur le parcours de cette rivière vers le lac et des masses importantes (1636 tonnes d’azote et 744 tonnes de phosphore) sont déversées annuellement dans l'écosystème lacustre. Les concentrations de polluants sont plus élevées en saison pluvieuse qu’en saison sèche. Il s’avère urgent de protéger le lac Tanganyika pour éviter une plus forte dégradation à court terme.