Cette étude a été conduite en vue d’examiner l’effet des flux d’eau sur l’apport des nutriments charriés par les rivières Lwiro et Cirhanyobwa et déterminer ainsi son impact sur l’efficacité de rétention des polluants par les marais Ciranga et Kabamba. Les échantillons d’eaux récoltés dans les rivières et dans les marais ont été analysés pour l’ammonium, les nitrates, les phosphates, l’azote total et le phosphore total suivant les méthodes spectroscopiques standard. Il est ressorti que les variations de l’efficacité de rétention étaient fonction des rivières, des types de nutriments et de la période d’échantillonnage. Dans la rivière Lwiro traversant le marais Ciranga, il a été ainsi observé une variation de la concentration en phosphore total entre 0.45 - 1.1 µmol/L et de 9.36 - 10.58 µmol/L de l’azote total. Par ailleurs, dans la rivière Cirhanyobwa traversant le marais Kabamba, la concentration en phosphore total a varié entre 0.46 - 0.5 µmol/L contre 10.17 - 23.72 µmol/L d’azote total. Une variation du potentiel de rétention des nutriments (phosphore et azote) en fonction du flux d’eau dans les marais de Ciranga et de Kabamba a été observée. Lors du flux élevé (débit élevé), une réduction significative en concentration des nutriments a été observée dans le marais de Ciranga non anthropogénisé que dans le marais de Kabamba (-66.82 µmol/L en phosphore total et -40.97 µmol/L en azote total contre -44.321 µmol/L en Phosphore et un gain de 21.885 µmol/L d’azote total). Des mesures de restauration des marais seraient d’une grande importance pour la stabilité du Lac Kivu et d’autres écosystèmes importants de la région.