Les sources thermales au Maroc constituent une richesse inestimable et sont fréquemment exploitées par la population pour différents usages. Cette dernière peut être exposée à des risques de contamination par des germes pathogènes dans les stations thermales mal entretenues. C'est dans ce cadre qu'une étude portant sur la qualité physicochimique et bactériologique de trois sources situées près de la ville de Fès : Sidi Harazem, Moulay Yaâcoub et Ain Allah a été réalisée. Les prélèvements d'eau effectués mensuellement entre Octobre 2012 et Mars 2013 dans les trois stations et à différents points, ont été analysés selon des protocoles standardisés conformément aux normes. Les résultats ont montré que les paramètres physico chimiques des eaux des trois stations prélevées au niveau des fontaines et du réservoir répondent aux normes marocaines en vigueur. Les analyses bactériologiques ont montré l’absence des germes pathogènes dans les eaux de fontaine des trois stations étudiées. Les eaux de piscine de la station Ain Allah ont présenté, une forte contamination par la flore mésophile et les indicateurs de pollution fécale (coliformes totaux, coliformes fécaux, Escherichia coli et les streptocoques fécaux) par rapport aux eaux de piscine de la station Moulay Yaâcoub qui présentent des densités très faibles. Cette charge bactérienne est liée essentiellement à la fréquentation de cette station par nombre important de baigneurs durant cette saison ainsi qu’à la température qui favorise la croissance des micro-organismes. L’utilisation de ces eaux pour la baignade pourrait être à l’origine de maladies transmises par les eaux de baignade. Ces piscines doivent donc être soumises à un contrôle régulier de la charge et de la nature de la flore microbienne de leurs eaux.