L’objectif de cette étude est d’évaluer le niveau d’hygiène et la qualité bactériologique des eaux de puits traditionnels utilisées dans sept quartiers de l’arrondissement de Ekpè, Commune de Sèmè-Podji au Bénin. Des investigations de terrain basées sur des questionnaires ont été faites dans cent quatre-vingt ménages dirigés par treize chefs villages de sept quartiers et auprès de trois établissements de premiers soins en rapport avec l’hygiène, les maladies hydriques et autres. Trente échantillons d’eau, à raison de deux prélèvements par point d’eau de puits et de la Société d’adduction d’eau publique ont été analysés. La flore aérobie revivifiable et les germes tests (Coliformes thermotolérants, Escherichia coli, Entérocoques et vibrions) ont été recherchés respectivement par la technique d’incorporation et de filtration. Les résultats des enquêtes révèlent que 75 % de la population ne respecte pas la distanciation exigée par l’OMS entre les puits et les latrines. 16,7 % des ménages ne disposent pas de latrine. En dehors de l’absence des entérocoques et des vibrions, les taux de conformité des eaux de puits analysés sont de 6,66 % pour la flore aérobie revivifiable ; de 20 % pour les coliformes thermotolérants et pour l’E. coli. Les échantillons d’eau d’adduction publique ne contiennent aucun contaminant fécal. La présence des germes tests enregistrés est liée au manque d’ouvrages d’assainissement appropriés et d’éducation, à l’hygiène environnementale et sanitaire. La mise en place adéquate des mesures d’hygiène, d’ouvrage d’assainissement et d’information s’avère urgente pour la réduction des risques.